サンスクリット語では、「 e 」 および「 o 」 は、すべて長母音として発音されると言われているため、「Yoga」の読み方は、「ヨガ」ではなく、「ヨーガ」と言います。
よくマントラで、「Om(オーム)」という言葉が出てきますが、「Om」は「オム」ではなく、「オーム」と発音するのと同じになります。
しかし、サンスクリット語には、さまざまな解釈があります。
どちらも意味は同じですので、サンスクリット語を使われるときに、自分がしっくりくる方を選ばれるのが良いかと思います。どちらも間違えではありません。